Mbah Kholil lahir pada 11 Jumadil Akhir 1235 Hijriyah, dan wafat pada 29 Ramadhan 1343 Hijriyah atau di tahun 1925 Masehi. Mbah Kholil dikenal sebagai guru dari para ulama Indonesia, seperti KH Hasyim Asy’ari (1871-1947), KH Abdul Wahab Hasbullah (1888-1971), KH Bisri Syamsuri, dan sejumlah besar lainnya di Jawa.
KH Abdul Latif, seorang ulama yang masih memiliki pertalian darah dengan Sunan Gunung i1, berusaha mendidik putranya ini sebaik mungkin. Setelah dididik sendiri oleh ayahandanya, Kholil kecil mendapat didikan yang sangat telaten dari KH Qoffal, ipar KH Abdul Latif. Karena kecerdasannya dalam memahami agama, Kholil yang sudah remaja